一、技艺详尽
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)是基因组中单个碱基的变异,在东谈主类基因组中叶俗存在,与疾病易理性、药物响应及个体化医疗等密切联系。通过特异性探针或深度测序精确识别SNP位点,提供基因分型、等位基因频率及功能展望分析,助力遗传机制研究与临床更始诈欺。
二、践诺主义
通过检测样本中指标SNP位点的基因型(如AA、AG、GG),分析其与表型(疾病、药物疗效、性状等)的关联性,为疾病研究、个体化用药等规模提供数据因循。
三、践诺进程
1、DNA抽提
a. 将样品管离心,10,000 rpm(~11,200xg)离心1 min,,弃上清,留住千里淀。
b. 加入200uL的缓冲液GA,之后,严格按照“TIANamp Genomic DNA Kit”讲明书范例,按细胞的样本类型进行索求DNA,详见讲明书附件。
c. 最终洗脱体积:50 uL
2、亚硫酸氢盐更始
a. 配制亚硫酸氢盐更始体系:取20 uL 基因组 DNA,加入130 uL CT Conversion Reagent,使用移液器轻轻奏乐混匀;
b. 将响应体系转念至热轮回仪中,98℃孵育 10 min,64℃孵育 2.5 h;
c. 响应放手后移时离心,收罗管壁溶液于管底,将响应液转念至 1.5 mL 离心管中;
d. 柱均衡:将 DNA Spin Column 置于 Collection Tube,向吸附柱中加入 500 uL Buffer BL,12,000 rpm离心 1 min,去除 Collection Tube 中的废液,将 DNA Spin Column 再行放回 Collection Tube 中;
e. 加入 600 μL Buffer GB,ag百家乐老板使用移液器奏乐混匀;
f. 将上一步所得溶液转念到 DNA Spin Column 中 12,000 rpm 离心 1 min,弃掉 Collection Tube 中液体,将 DNA Spin Column 放入 Collection Tube 中;
g. 加入 600 uL Buffer PW12,000 rpm 离心 1 min,弃掉Collection Tube 中液体,将 DNA Spin Column 放入 Collection Tube 中;
h. 加入 600 uL Buffer DB,室温遗弃 15 min,12,000 rpm离心 1 min 弃掉 Collection Tube 中液体,将 DNA Spin Column 放入 Collection Tube 中;
i. 加入 600 uL Buffer PW,12,000 rpm 离心 1 min,弃掉 Collection Tube 中液体,将 DNA Spin Column 放入 Collection Tube中;
j. 重迭范例 9;
k. 12,000 rpm 离心 2 min,将 DNA Spin Column 放入一新的的 1.5 mL 离心管中;
l. 将 DNA Spin Column 管盖大开,室温遗弃 5 min,使酒精十足蒸发;
m. 向 DNA Spin Column 中加入 20 uL Nuclease-free Water,室温静置 2 min;
n. 12,000 rpm 离心 2 min 即获得更始后 DNA。
3、PCR扩增
1)将Mix在4℃下熔化,温雅地险阻倒置混匀并进行移时离心。
2)冰上配制下表中的响应液
要素 加入量 终浓度
TaKaRa EpiTaq HS(5 U/μl) 0.25 μl 1.25 U/50 μl
10 × EpiTaq PCR Buffer (Mg2+ free) 5 μl
25 mM MgCl2 5 μl
dNTP Mixture(各 2.5 mM) 6 μl
Forward Primer (10μM) 1μL 0.2 μM
Reverse Primer (10μM) 1μL 0.2 μM
DNA 2μL
RNase-free Water To 50μL
3)将响应管进行移时离心,确保整个响应液在响应孔底部。
4)遴荐三步法范例进行响应:
轮回数 范例 温度 时代
40 预变性 98℃ 10s
退火 55℃ 30s
延迟 72℃ 30s
4、家具电泳
家具上样量:4uL
电泳条款为:120V电压,200mA电流,电泳时代30min.
四、技艺上风
高特异性:双引物诡计严格分裂甲基化与非甲基化DNA,幸免假阳性
高机灵度:可检测低至1%甲基化水平的DNA
世俗适用:因循多种样本类型(血液、组织、FFPE等)
恶果直不雅:凝胶电泳平直傲气甲基化现象,便于快速判读
五、适用边界
1️⃣ 肿瘤研究:抑癌基因(如p16、BRCA1)初始子甲基化检测
2️⃣ 疾病会诊:结直肠癌、肺癌等甲基化象征物筛查
3️⃣ 发育生物学:如胚胎发育中表不雅遗传调控机制理解
4️⃣ 环境毒理学:化学浮现对DNA甲基化影响的评估
5️⃣ 药物研发:去甲基化药物(如5-氮杂胞苷)疗效监测
六、代表性践诺恶果
MSP_琼脂糖凝胶电泳图
七、提供
1 细胞样品: >2×107;细胞培养上清≥1ml;
动植物组织/细菌、真菌样品: >100mg(黄豆粒大小);
血清、血浆、全血尽头他体液样品: >200μl;
RNA/DNA/cDNA: v≥10μl,c≥50ng/μl
2 物种信息及基因信息
(注:组织样品需液氮速冻、保存于-80度ag竞咪百家乐,样品使用干冰寄送)